位點特異性重組（site-specific recombination）

同源重組需要長長的匹配序列，並且幾乎能在它們對齊的任何地方發生。位點特異性重組在精神上恰恰相反：它是一種受控的切割與重接，只發生在由專門的酶所識別的、短而確定的DNA序列處。它不太像一般的修復過程，更像是在基因組中兩個精確「地址」之間進行的可編程拼接。

一種專門的酶，即位點特異性重組酶，識別某一段特定的短序列——它的識別位點——無論它出現在何處；該酶結合兩個這樣的位點，在二者處都乾淨地切斷DNA骨架，交換斷端，再重新封合，全程不丟失也不增加哪怕一個鹼基。結局取決於兩個位點的排列方式：同一分子上方向一致的位點會使二者之間的DNA環出並被刪除，方向相反的位點會使那段序列翻轉（倒位），而位於兩個獨立DNA分子上的位點則使它們融合。經典的Cre-lox和FLP-FRT系統正是這樣工作的。

細胞和病毒把它用於要求精確的工作。λ噬菌體通過位點特異性重組，把自己的基因組整齊地整合進宿主染色體上一個選定的位點；一些細菌則把一段DNA來回翻轉，以開啟或關閉某些基因。同一套機器也已成為實驗室的主力：通過在一個基因周圍放置識別位點，研究者可以在選定的組織、選定的時間刪除、倒置或激活它——這是普通重組無法提供的、對基因組的外科手術般的控制。