依賴Rho與內在終止（Rho-dependent and intrinsic termination）
/ ROH-dependent /
細菌需要兩種不同的辦法來叫停一個失控的抄寫員，而這兩種恰好對照鮮明：一種內置於資訊本身，另一種依靠一個專職的追捕蛋白。它們一起表明，「如何停下」既可以靠巧妙的序列設計來解決，也可以靠一個勤懇的幫手來解決。
內在（不依賴因子）終止是自給自足的辦法。在基因接近末尾處，被轉錄的RNA含有一段自身互補的序列，於是新造的RNA回折成一個穩定的髮夾環；緊隨髮夾之後是一串尿嘧啶。髮夾拽住聚合酶、使其停頓，而由於U-A配對最弱，RNA-DNA雜合鏈中的RNA便輕易鬆開——轉錄本彈脫出來，聚合酶隨之脫落，無需任何額外的蛋白。依賴Rho的終止改用一個蛋白：Rho是一種環形的酶，抓住聚合酶後方RNA上的一段特定序列，消耗ATP，沿轉錄本朝酶的方向行進。當它追上一個暫停的聚合酶時，便把RNA-DNA雜合鏈撬開、釋放一切。可以把內在終止想像成一根內置的絆索，而把Rho想像成一名沿軌道追上去、把跑者撲倒的守衛。
一個基因用哪種機制，會影響它如何被調控；而Rho原來是不可或缺的，也是個靶點：阻斷Rho對許多細菌是致命的，這一點正被探索用於抗生素。這一對照還預示了一個更廣的主題——終止不只是個關閉開關，更是一個決策點。例如在衰減中，一個內在終止子是提早形成還是被繞過，決定了某些基因究竟有多少被轉錄，使細菌能在轉錄還在進行時就對條件作出響應。
內在式：……GCGCC-髮夾環-GGCGC，其後跟著UUUUUUU，全在RNA自身裡。依賴Rho式：沒有這樣的髮夾；而是Rho裝載到一段富含C的RNA上，追上聚合酶把它趕走。
細菌的兩種停止：自折疊的髮夾，或追趕的Rho蛋白。
二者都是細菌的機制。真核生物的Pol II既不用Rho，也不用簡單的髮夾；它們的終止與RNA切割和多聚腺苷酸化相偶聯，相對來說比較雜亂——聚合酶常常越過基因真正的末端很遠才釋放。