分子演化的中性理論（the neutral theory of molecular evolution）

如果你看著隨機的筆誤在一份長文檔裡、經過幾千次轉抄而悄悄潛入，你會發現大多數筆誤落在不改變意思的地方——多了一個空格、換了個同義詞、改動了一處沒人看的腳註。少數筆誤會攪亂一個重要句子、隨後被改正，而更罕見的，某個筆誤甚至可能改進一句措辭。你實際看到積累下來的改變，大多是無害的那種。中性理論說，分子演化看上去也大致如此。

由木村資生於1968年提出的分子演化中性理論主張：一個物種隨時間固定下來的遺傳改變，絕大多數在選擇上是中性的——它們對生物體既無大利也無大害——並且是透過世代間的隨機抽樣（遺傳漂變）而擴散或消失的，而非由自然選擇青睞它們而擴散。這並不否認自然選擇；選擇真實而強大，尤其是不斷清除有害改變的純化選擇。該理論的主張更狹窄、也更出人意料：在DNA和蛋白質序列的層面上，那些得以存活、成為物種間差異的改變，大多是選擇壓根不在乎的那些。有利突變確實存在，但只占固定改變中的一小部分。

這一觀念重塑了分子演化。它解釋了為什麼分子鐘以大致穩定的速率滴答（中性改變以突變率積累），為什麼許多序列變異沒有明顯的適應意義，並且它提供了一個零假設，供我們據以檢驗選擇：如果某個區域的演化恰如中性所預測，我們就無需搬出選擇；如果它偏離了，那就有有趣的事情在發生。一個常見的誤讀是以為中性理論在說選擇不重要——其實它對「功能」說的恰恰相反，同時堅持認為我們觀察到的大多數分子噪聲，就適合度而言，確實只是噪聲。