分子量

分子量就是一個分子有多重，由其所有原子的質量相加得到，以道爾頓或克每莫耳表示。它是藥物設計中最基本的尺寸標尺：粗略地說，數字越大，分子就越大、越笨重。

尺寸之所以重要，是因為較大的分子往往穿膜更慢、更難溶解、口服吸收更困難。小分子藥物的分子量通常在約 500 道爾頓以下，這正是利平斯基五規則確立的閾值，儘管許多成功的口服藥物會略高於此。

在最佳化過程中分子量往往會悄悄上漲，因為加原子是提升活性的便捷手段。關注它（以及相關的重原子數）能避免專案滑向「分子肥胖」——即以犧牲溶解度、膜透過性和整體成藥性為代價，靠額外的體積換取活性。