分子離子（molecular ion）

想象在有人把一個花瓶摔碎之前，先給完整無損的它拍一張照——那是完整物體的寫照，在它碎成片之前。在質譜圖裡，分子離子就是那張「完整花瓶」的照片：它是來自整個分子的峰，已帶電但尚未裂成碎片。

準確地說，分子離子是把整個分子電離、同時讓它的原子仍連在一起所形成的離子——通常是移走一個電子（生成寫作 M+• 的自由基陽離子），或是加上、移走一個質子。它的質荷比數值直接揭示了分子的分子質量，這正是它錨定整張譜圖解讀的原因。

它之所以重要，是因為分子離子回答了關於一個未知物的第一個問題——整個分子有多重？——而其餘的一切都是相對於它來讀的。需要誠實說明的是：分子離子並不總是看得見：劇烈的電離可能把分子碎裂得如此徹底，以至於完整分子的峰很弱或乾脆消失，這會讓分子質量的指認變得棘手。