轉錄泡與RNA-DNA雜合鏈（transcription bubble and RNA-DNA hybrid）

DNA是一條纏得很緊的雙螺旋；當字母被拉鍊拉上、又朝裡相對時，你根本讀不出它們。於是RNA聚合酶抄錄一個基因時，會隨身帶著一小塊可移動的「解鏈區」——一小段把兩條DNA鏈拉開、好讓其中一條被讀取的地方。這塊隨行的開放區域就是轉錄泡。

泡內——約十幾個未配對鹼基對寬——模板鏈被暴露出來，由聚合酶讀取。每添加一個新的RNA核苷酸，RNA最新生成的那一端會短暫地與模板配對，形成一小段RNA-DNA雜合鏈（約8到9個鹼基對）。這段雜合鏈是臨時的異源雙鏈，新生RNA在此抓住它所抄錄的DNA，就像沿著軌道鋪設的一截尚未成形的第二條鋼軌。泡隨酶一同移動：前方DNA解旋，RNA-DNA雜合鏈居中，酶的後方DNA重新退火回到它正常的雙螺旋，而此刻已造好的RNA則被剝離、穿引而出。酶能始終不脫落、跨越數千鹼基持續前行的本領，叫做持續合成能力。

正是這個小小的移動氣泡，才讓轉錄得以成立——它給聚合酶開了一扇窺見編碼的窗，同時把擾動降到最小、且可逆。它也帶來後果：前方DNA解旋、後方重新纏繞，會產生超螺旋應力，細胞必須靠拓撲異構酶來釋放；而那段瞬時的RNA-DNA雜合鏈，若在酶後方拉得太長，會形成麻煩的結構（R環），與基因組不穩定相關聯。泡雖小，但把它處理得乾淨俐落，正是讓轉錄成為一個受控過程、而非把基因組撕扯開來的一部分原因。