複製叉與複製泡（replication fork and bubble）

想像從拉鏈中間某一點把它拉開。隨著你向兩個方向拉，張開的缺口越來越大，在缺口的每一端都有一個Y形交界處，那裡「仍閉合」遇上「已張開」。在複製中的DNA裡，這個張開的缺口就是複製泡，而每個Y形交界處就是複製叉。複製叉正是實際進行複製的地方。

一旦DNA在起點處被撬開，兩個複製叉便彼此分離地移動（雙向複製），各自沿DNA前進並一邊走一邊解旋。在每個複製叉處，親本雙螺旋裂成兩條單鏈，複製機器就坐在交界處，讀取每條分開的鏈並鋪設新的配對鏈。隨著複製叉推進，它們之間的複製泡不斷變大；在顯微鏡下，小的複製泡看起來像DNA上一隻張開的眼睛，因此有時被稱為複製眼。

複製叉是複製忙碌的工地：你會在那裡看到負責解鏈的解旋酶、防止解開的單鏈重新黏合的單鏈結合蛋白、合成新鏈的引物酶和聚合酶，以及在前方工作以緩解扭曲張力的拓撲異構酶。在環狀的細菌染色體裡，來自oriC的兩個複製叉繞行一周並在終止區相遇；在真核生物中，相鄰起點產生的複製叉彼此相遇並融合，直到整條染色體複製完成。