嚮導RNA（guide RNA）

如果說Cas9是一把剪刀，那麼嚮導RNA就是告訴剪刀去哪裡的地址標籤。Cas9本身對序列是盲的——它內置不知道該切哪段DNA。嚮導RNA提供了這一資訊，而精妙之處在於，它指引剪刀靠的不是複雜的蛋白質形狀匹配，而是簡單的鹼基配對——正是把DNA維繫在一起的那條A配T、G配C的規則。

嚮導RNA攜帶著一段約20個核苷酸的短序列，叫做間隔序列（spacer），其序列由你選定，以匹配你的目標。在細胞內，裝上嚮導的Cas9掃描DNA；每當它找到一個PAM，便撬開雙螺旋，把嚮導的間隔序列湊近其中一條DNA鏈。若鹼基對齊——嚮導RNA沿那20個字母的窗口與目標DNA配對——Cas9就鎖死並切割；若不匹配，它便鬆開、繼續前行。實際上，天然系統用的是兩段RNA，研究者把它們融合成一個方便的分子，叫單嚮導RNA（sgRNA）：它的一部分與目標鹼基配對，其餘部分摺疊成一個供Cas9抓握的把手。

嚮導RNA正是CRISPR如此易於重新程式化的原因所在。要把編輯器瞄向一個新基因，你無需重新設計任何蛋白質——只需合成一段帶新20字母間隔序列的嚮導，又快又便宜。這正是CRISPR超越鋅指核酸酶和TALEN的全部緣由。誠實的告誡是：鹼基配對能容忍幾處錯配，所以一段嚮導也可能與別處相似卻錯誤的序列配對，這正是脫靶編輯的根源。良好的嚮導設計會盡量挑選在基因組中獨一無二的間隔序列，以把這種風險壓低。