原間隔序列鄰近基序（PAM）
/ PAM, rhymes with 'jam' /
PAM是CRISPR-Cas9運作中一個雖小卻關鍵的細節，它解答了一個巧妙的謎題：細菌的CRISPR系統如何避免攻擊自己存檔的病毒記憶？畢竟，嚮導RNA的序列本身就寫在細菌的基因組裡，那Cas9為何不切那裡？PAM便是答案——而對我們來說，它則變成了對可編輯位置的一種約束。
PAM是「原間隔序列鄰近基序」的縮寫。它是一段極短的DNA信號——對來自化膿性鏈球菌的常用Cas9而言，就是 5'-NGG-3'，意思是任意一個鹼基後接兩個G——它必須緊挨在被攻擊DNA中的目標序列旁邊。除非Cas9先在某位點旁認出一個PAM，否則它根本不會去解旋、核對該位點。關鍵在於，細菌自身CRISPR陣列中存檔的記憶旁邊缺少這個PAM，所以Cas9對細菌自己的DNA置之不理，只切帶有PAM的入侵DNA。PAM由Cas9蛋白質直接接觸DNA來辨識，而非由嚮導RNA。
對基因組編輯而言，這意味著你並不能隨處切割——你選定的目標旁邊必須有一個合適的PAM。對標準Cas9來說，合用的NGG位點足夠常見，故這通常只是個小麻煩，但確實排除了一些位點。這也是研究者去尋找和改造具有不同PAM要求的Cas蛋白（有些需要別的短基序，從而拓寬可達位點）的原因之一，以擴大CRISPR能瞄準的範圍。PAM也是該系統具有特異性的一部分原因：一段20字母的匹配若旁邊沒有PAM，就會被徑直忽略。
對常用Cas9來說，只有當DNA讀作 ……[20字母匹配]NGG…… 時目標才有效——緊鄰下游的NGG（任一鹼基，再兩個G）就是允許切割的PAM。
沒有PAM就不切——即使是完美的20字母匹配也會被忽略。
PAM位於目標DNA中，而非嚮導RNA裡，並由Cas9蛋白質讀取。忘記位點旁必須存在PAM，是某個選定目標實際無法被切割的常見原因。