全基因組CRISPR篩選（genome-wide CRISPR screen）

剔除一個基因，告訴你的是關於一個基因的事。但真正的問題往往是開放式的：在全部約兩萬個人類基因中，哪些是癌細胞挺過一種藥物、或一種病毒完成感染、或你所關心的任何過程所必需的？全基因組CRISPR篩選的回答方式，是同時對每一個基因做實驗，再讓結果指向那些重要的基因。

訣竅是這樣的。你構建一個龐大的嚮導RNA文庫——合起來標靶基因組中的每一個基因，每個基因配幾條嚮導。你以低劑量把這個文庫送入一大群細胞，使每個細胞通常只接收一條嚮導、因而只剔除一個基因；這群細胞成了數百萬個，各自缺失一個不同的單一基因。然後你施加一種選擇或壓力——加入藥物、病毒，或你正在研究的任何東西——讓它對細胞進行篩選。事後你給存活（或消失）的細胞定序，讀出它們攜帶哪些嚮導RNA。變得富集的嚮導，標記出那些喪失後有助於存活的基因；掉隊消失的嚮導，標記出那些必需的基因。嚮導RNA兼作一個內置條碼，告訴你每個細胞丟失了哪個基因。

這是現代功能基因組學中最有力的方法之一，把一項曾需數年的搜尋，變成一次合併進行的實驗，它已揭示出藥物靶點、必需基因，以及無數細胞過程背後的機器。其變體用CRISPR干擾或激活替代剔除，從而在全基因組範圍內把基因調低或調高。誠實的告誡是：篩選找到的是關聯，之後必須逐個基因加以驗證；不同嚮導的有效程度參差不齊；脫靶效應和不徹底的剔除會增添噪聲；而且一次篩選告訴你的是哪些基因對你測試的那個條件要緊，而非每個基因功能的全貌。