錯配修復（mismatch repair）

即便是再出色的校對型複印機也會出錯，DNA聚合酶也不例外：它時不時會插入一個錯誤鹼基、躲過自身的校對，留下一對錯配，比如一個G對著一個T。錯配修復就是緊跟在複製之後的清理小隊，找出這些新鮮的錯誤並加以修正——把複製的整體準確度再提高約一百倍。

難點不在於發現錯配，而在於判斷兩條鏈中哪一條錯了。兩個鹼基都是完全正常的DNA字母；唯一能把帶錯的新鏈與正確的舊模板區分開的，是新鏈剛剛被合成出來。修復系統利用一種暫時的「新生」標記——在細菌中新鏈短時間內未被甲基化，在人類中該系統識別新合成鏈上尚未封閉的切口。一旦知道哪條是新鏈，系統就移除其中跨越錯配的一段，再以可信賴的舊鏈為模板把這一段正確地重新合成。

錯配修復也是細胞抵禦重複序列中打滑的防線——在重複序列裡聚合酶容易結巴、多加或漏掉一個單元，因此它的失效表現為不穩定、長度漂移的重複——這種印記被稱為微衛星不穩定性。遺傳到一個損壞的錯配修復基因會導致林奇綜合徵，這是最常見的遺傳性結直腸癌，生動地詮釋了一條規律：無法糾正自身複製錯誤的細胞會迅速積累突變並滑向癌症。