螢光原位雜交（fluorescence in-situ hybridization）

多數DNA方法先把細胞磨碎、提取其DNA，這能告訴你有哪些序列，卻丟掉了它們原本在細胞裡的位置。有時位置才是關鍵——某個基因坐落在哪條染色體上、一條染色體的一段是否斷下來黏到了另一條上。FISH回答「在哪裡」的方式，是在顯微鏡下、在完整細胞內部直接點亮某一特定的DNA或RNA序列。「原位（in situ）」是拉丁語，意為「在它原本的位置」。

你製作一個探針：一小段序列與你關心的目標匹配的DNA，並標上螢光染料。細胞（常鋪在玻片上，染色體攤開）被溫和處理，使其DNA鏈分開，然後把標記好的探針淌過它們。無論該匹配序列在細胞裡實際坐落何處，探針都會與之鹼基配對——即雜交。在螢光顯微鏡下，目標便恰好在其所在位置顯現為一個發光的點。換用幾種不同顏色的探針，你就能一次標記多個目標，每個目標一種顏色。

FISH讓你能夠字面意義上地看見染色體上的一個基因。臨床上它用於數染色體（檢出唐氏綜合症中多出的21號染色體）、發現缺失或重複，以及找出驅動某些癌症的基因融合與擴增（例如檢測乳腺癌的HER2狀態）。它的長處和局限是同一件事：FISH以漂亮的空間分辨率告訴你某一特定、預先選定序列的存在與位置，但它永遠只尋找你為之設計了探針的那些目標——它是一束聚光燈，而非一次普查。