三级结构

取一条单一的多肽链——它上面已经点缀着螺旋与折叠片——让它坍缩、堆叠成一个紧凑、特定的三维形状。整条链折叠后的总体形状，就是它的三级结构。如果说一级结构是拼写、二级结构是单词，那么三级结构就是有了意义的完整句子：蛋白质可工作的形态。

是什么把链驱赶成那一种形状？最大的力，出人意料地，来自水。油腻的非极性侧链无法与水成键，于是链折叠起来，把它们塞进一个干燥的内核、远离周围的水，同时让亲水的侧链朝外——这就是疏水效应，是折叠的主引擎。一旦总体形状定下，便由少数更特定的接触加固：氢键、电荷相反侧链之间的盐桥、形状贴合处紧密的范德华堆积，以及在某些蛋白质中、像图钉一样把两处远端钉在一起的共价二硫键。折叠是所有这些弱相互作用的平衡；它稳定，但只是勉强稳定，这正是为什么热或苛刻的化学物质能使蛋白质展开（变性）。

三级结构正是功能诞生之处。精确的三维排布造就了酶活性位点的口袋、受体的结合裂隙、转运蛋白的通道。关键在于，序列上相距很远的残基，可以因折叠而在空间中被带到彼此紧邻——一个活性位点往往由散布在整条链上的氨基酸构成，只有当蛋白质折叠时才被装配成可用的工具。这正是为什么干活的是形状，而不仅是序列。