鸟枪法测序策略（shotgun sequencing）

假设你想读一份巨大的文档，但你的阅读机一次只能处理很小的片段，而且它无法告诉你每个片段在文档中的位置。一个聪明的做法是在一开始就彻底放弃顺序：把这份文档的许多份拷贝随机轰碎成一堆小片段，把所有片段都读出来，再让计算机事后根据片段之间的重叠来推算顺序。“随机轰碎成片段”这一步，正是它被称为鸟枪法的原因。

在全基因组鸟枪法测序中，基因组的许多份拷贝被随机打断成小片段，每个片段都被测序，得到的读段交给组装程序，由它依据读段间的重叠重建原始序列。关键的窍门是随机性加上高覆盖度：由于不同拷贝在不同位置断裂，这些读段最终以彼此错开、相互重叠的层次铺满整个基因组，而这种参差的重叠正是组装所需的信息。较老的替代方案——先把基因组小心地切成已知的大块、给它们定位、再逐块测序——更有条理，却慢得多。

鸟枪法测序是现代基因组学速度的引擎。它由克雷格·文特尔（Craig Venter）大力推动，1995 年首次用于一种自由生活的细菌，让团队得以跳过缓慢的有序定位步骤，靠蛮力加计算去测整个基因组。如今它几乎是所有测序的默认方法，从微生物基因组到人类基因组，并且是宏基因组学的基础——在那里，整个生物群落的 DNA 被一次性鸟枪打断测序。它的弱点和组装一样：随机的短片段本身无法分辨长重复序列，这就是为什么越来越多地掺入长读段测序。