覆盖度/测序深度（coverage / depth）

想象给一页文稿校对，办法是让许多人各读几行彼此重叠的内容。如果这一页上的每个位置都被比如说三十个不同的人读过，那么即使某一个读者看走了眼，你仍可信赖大多数人的共识。测序覆盖度（或深度）对DNA而言正是这个思路：基因组中每个位置被多少条独立的读长覆盖。

由于单条测序读长既短又有一定错误率，一次测序实验会有意地从许多不同片段把同一区域反复读多遍。某个位置的覆盖度就是与它重叠的读长数目；整体深度记作如30x，意思是平均每个碱基被读了约三十遍。深度越高，对每个碱基的独立观察就越多，于是与参照之间真正的差异清晰凸显，而随机读取错误会被多数票压下去。覆盖度在基因组上通常并不均匀——某些区域，尤其是重复区或GC含量极端的区域，得到的读长较少，因而读得不那么可靠。

深度是测序中最重要的质量旋钮之一，并直接决定你能下什么结论。要有把握地判定一个杂合变异（你的两份基因拷贝中有一份不同），需要足够深度才能同时看到两种版本；要检出只存在于百分之几细胞中的稀有突变（如肿瘤），则需要非常高的深度。但“更多”并非免费：深度耗费测序通量和金钱，所以实验会被设计成达到与问题相称的目标深度。一个仅靠低深度下一两条读长支持就声称检出突变的说法，理应被健康地怀疑。