形状互补

形状互补就是把锁钥模型用于贴合：一个好配体填满其结合口袋，就像钥匙填满锁孔、手填满手套，凸起对应凹陷，几乎不留空隙。匹配得越紧密，接触的原子越多，弱接触叠加得越多，因此把形状做对是基于结构的设计最先要达成的目标之一。

把口袋填好同时做了两件事。它最大化了原子紧密堆积带来的众多近程范德华接触和疏水埋藏，并把束缚不牢的水挤了出去。反过来，留下空腔，或更糟地，迫使两个原子重叠（立体冲突），都会消耗能量，削弱甚至破坏结合。

需要老实补充的是，良好的形状互补是必要条件而非充分条件。如果配体必须扭成一个紧张的高能构象才能贴合，或者它埋藏了极性基团却未满足其氢键，那么它即便贴得很紧也可能结合很弱。而且由于蛋白具有柔性，口袋的“形状”并非一成不变——它可以通过诱导契合来塑造自己以适应配体。