蛋白质折叠漏斗（protein folding funnel）

一条刚合成的蛋白质从核糖体上下来时，是一条软塌塌、长长的链——想象一根刚从袋子里抽出来的长鞋带。这根线条不知怎地就得团成一个精确而紧凑的三维形状，而且要找得很快，常常不到一秒钟。它怎么做到不必把所有可能的形状一个一个都试过去呢？折叠漏斗就是生物学家用来解释这件事的图景。

想象一只又宽又坑坑洼洼的漏斗：未折叠的链从宽阔的漏斗口出发，而那个唯一正确的（天然）形状坐落在漏斗的最底部。漏斗壁向下倾斜，是因为当链形成有利的接触——氢键、把油腻的疏水侧链埋藏起来远离水——它的自由能就降低，从而向底部滑去。这里没有唯一固定的台阶；一千条不同的链可以从漏斗口上一千个不同的点出发，沿不同的路线滚下来，可几乎全都落到同一个低处。漏斗壁上的坑洼和侧谷，就是链途中可能停留的、半折好半卡住的状态。这正是对莱文塔尔悖论（Levinthal's paradox）的现代回答：链并不是在天文数字般多的形状里随机乱找，而是被漏斗引导着一路向下，奔向天然折叠。

漏斗是描绘能量景观的一种方式——一张地图，标出链摆成每一种可能形状时各有多少自由能。它之所以重要，是因为它把折叠重新理解为有引导的过程，而非靠运气；也因为那些侧谷解释了出错的方式：链可能陷进一个错误的深坑里（错误折叠的状态），或与邻居黏成一团，而到不了底部。漏斗是一个模型和比喻，不是一个能拍照的实物；真实的能量景观崎岖不平，连那个天然的底部本身也是一小簇不停抖动的形状，而非一尊冻住的雕像。