分子进化的中性理论（the neutral theory of molecular evolution）

如果你看着随机的笔误在一份长文档里、经过几千次转抄而悄悄潜入，你会发现大多数笔误落在不改变意思的地方——多了一个空格、换了个同义词、改动了一处没人看的脚注。少数笔误会搅乱一个重要句子、随后被改正，而更罕见的，某个笔误甚至可能改进一句措辞。你实际看到积累下来的改变，大多是无害的那种。中性理论说，分子进化看上去也大致如此。

由木村资生于1968年提出的分子进化中性理论主张：一个物种随时间固定下来的遗传改变，绝大多数在选择上是中性的——它们对生物体既无大利也无大害——并且是通过世代间的随机抽样（遗传漂变）而扩散或消失的，而非由自然选择青睐它们而扩散。这并不否认自然选择；选择真实而强大，尤其是不断清除有害改变的纯化选择。该理论的主张更狭窄、也更出人意料：在DNA和蛋白质序列的层面上，那些得以存活、成为物种间差异的改变，大多是选择压根不在乎的那些。有利突变确实存在，但只占固定改变中的一小部分。

这一观念重塑了分子进化。它解释了为什么分子钟以大致稳定的速率滴答（中性改变以突变率积累），为什么许多序列变异没有明显的适应意义，并且它提供了一个零假设，供我们据以检验选择：如果某个区域的演化恰如中性所预测，我们就无需搬出选择；如果它偏离了，那就有有趣的事情在发生。一个常见的误读是以为中性理论在说选择不重要——其实它对“功能”说的恰恰相反，同时坚持认为我们观察到的大多数分子噪声，就适合度而言，确实只是噪声。