分子钟（the molecular clock）

假设两座城镇源自同一处聚落，各自开始记一份略有偏差的历法。许多年后，它们的日期不再吻合，而两份历法之间的差距稳步拉大。如果你知道这两份历法每年偏离的快慢，就能测出今天的差距、倒推出两镇分开的时间。分子钟把这个想法用到DNA和蛋白质上：两个物种序列之间的差异以大致稳定的速率堆积，所以差异的大小就是一个粗略的计时器，告诉你它们多久以前共有过一个祖先。

用平实的步骤说说机制。在两条已经分裂的谱系中，每条都在一代代里各自独立地积累替换。对于那些不受变动选择强烈塑造的序列——尤其是中性或近中性的位点——这些替换以近乎恒定的平均速率到来，因为这速率主要由底层的突变率决定，而非由日复一日的生存争斗决定。数出两个物种之间的差异，除以每年的速率（用一个已知年代的化石或地质事件来校准），你就能估算出分歧时间。分子生物学家正是这样为完全没有化石的分裂定年——人与黑猩猩谱系何时分开，鸟类与鳄鱼何时分化，一种病毒最初何时跳入人类。

诚实之处在于它的不均匀。这只钟不是一只精准的瑞士表；它在不同基因里“滴答”的快慢不同（有些快，保守的慢），在不同谱系里不同（世代短或复制更马虎的生物里更快），在不同年代里也不同。所以分子定年带有实实在在的不确定性，必须加以校准、相互核对，最好使用许多基因和几个化石锚点。只要诚实对待——把它当作一个近似的、经过校准的估计，而非精确的读数——分子钟就是为生命之树标上时间线的最强工具之一。