内共生的分子证据（molecular evidence for endosymbiosis）

你细胞内部两个最重要的结构——为你制造能量的线粒体，以及植物中捕捉阳光的叶绿体——看上去奇怪地像两个小小的囚徒。它们有自己的DNA、按自己的时间表分裂、并被一层双层膜包裹着，仿佛是被吞进来的。如今得到有力支持的那个惊人解释是：它们曾经是自由生活的细菌，很久以前被一个祖先细胞吞下、却始终没被消化——而正是分子证据，把这个一度狂野的想法变成了主流的事实。

内共生学说说：十多亿年前，一个宿主细胞摄入了一个自由生活的细菌，那细菌没有被吞食，反而在内部安顿下来、成为永久的伙伴。后来变成线粒体的那个细菌，是一种擅长用氧气产能的需氧细菌；后来变成叶绿体的那个，是一种进行光合作用的蓝细菌。最有力的证据是分子层面的。线粒体和叶绿体携带着自己的小型环状基因组，像细菌的一样，与细胞的核DNA分开。它们的核糖体像细菌的核糖体，而不像宿主的，并且会被那些专打细菌的抗生素阻断。而决定性的是，当你取一个线粒体的核糖体RNA序列、把它放到生命之树上时，它不与它的宿主细胞分到一枝——它深深地分到细菌之中，紧挨着它自由生活的亲属。这个分子记得自己从哪里来。

这是分子系统发生学解决一个深层历史问题的典范，那是任何化石都无法定论的问题，而它在生命历史中名列最重要的事件之一——那场让真核细胞获得动力工厂的合并。一点精确的说明：随着时间推移，原先大多数细菌基因迁移到了宿主的细胞核里，所以今天这些细胞器只保留了一小段残余的基因组，其大部分蛋白质都依赖细胞核供给。它们是从前的细菌，已彻底整合，再也无法独立生存。