向导RNA（guide RNA）

如果说Cas9是一把剪刀，那么向导RNA就是告诉剪刀去哪里的地址标签。Cas9本身对序列是盲的——它内置不知道该切哪段DNA。向导RNA提供了这一信息，而精妙之处在于，它指引剪刀靠的不是复杂的蛋白质形状匹配，而是简单的碱基配对——正是把DNA维系在一起的那条A配T、G配C的规则。

向导RNA携带着一段约20个核苷酸的短序列，叫做间隔序列（spacer），其序列由你选定，以匹配你的目标。在细胞内，装上向导的Cas9扫描DNA；每当它找到一个PAM，便撬开双螺旋，把向导的间隔序列凑近其中一条DNA链。若碱基对齐——向导RNA沿那20个字母的窗口与目标DNA配对——Cas9就锁死并切割；若不匹配，它便松开、继续前行。实际上，天然系统用的是两段RNA，研究者把它们融合成一个方便的分子，叫单向导RNA（sgRNA）：它的一部分与目标碱基配对，其余部分折叠成一个供Cas9抓握的把手。

向导RNA正是CRISPR如此易于重新编程的原因所在。要把编辑器瞄向一个新基因，你无需重新设计任何蛋白质——只需合成一段带新20字母间隔序列的向导，又快又便宜。这正是CRISPR超越锌指核酸酶和TALEN的全部缘由。诚实的告诫是：碱基配对能容忍几处错配，所以一段向导也可能与别处相似却错误的序列配对，这正是脱靶编辑的根源。良好的向导设计会尽量挑选在基因组中独一无二的间隔序列，以把这种风险压低。