分子动力学

分子动力学（简称 MD）就像把蛋白质及其周围水中每一个原子拍成一部微型定格动画，一帧一帧地播放。从一个结构出发，计算机计算每个原子所受的力，把它们沿时间向前推进极小的一步，再重复上百万次，从而观察体系如何摆动、起伏和重排。

MD 的引擎是力场，即一套基于物理的方程和参数，用键、键角、电荷和范德华接触来近似原子间的作用力。每一步把时间推进约一到两飞秒，因此即便模拟到一微秒的运动也需要上亿步。MD 能揭示静态晶体结构无法呈现的东西：口袋如何开合、有序水分子位于何处，以及配体是稳定结合还是逐渐飘离。

需要诚实指出的局限在于时间尺度与准确性。许多在生物学上有意义的运动发生在毫秒尺度，至今模拟代价高昂，而结果又依赖于所选力场和起始结构。因此 MD 在阐释机制和提出假设方面很有威力，并为自由能计算提供所需的构象采样，但其数值应结合其假设来解读。