大沟与小沟（major and minor grooves）

用手指顺着一根拧过的绳子或一根拐杖糖滑过去，你会摸到一道螺旋形的沟。DNA 双螺旋也有沟，而由于它的两条骨架在螺旋上并不是均匀分布的，这些沟便有了两种大小——一道宽阔的大沟和一道狭窄的小沟。这些沟正是蛋白质在从不打开 DNA 的情况下阅读它的地方。

当两条反向平行的链相互扭转时，骨架在一侧靠得更近、在另一侧离得更远，于是沿分子盘旋而下刻出两条宽度不等的螺旋形通道：宽阔的大沟和较窄的小沟。碱基对的边缘朝这些沟里露出来，而关键在于，宽阔大沟里所呈现的化学图案，对每一种碱基对都不同（A-T 与 T-A 与 G-C 与 C-G 各异）。那图案就像一种盲文，蛋白质能用触觉读出来。

这些沟之所以重要，是因为它们正是细胞从外部读取一个基因序列的方式。像转录因子这样的蛋白质会把自身的一部分——常常是一段小螺旋——插进大沟，读取暴露在外的碱基边缘，从而在不解开链的情况下识别一段特定序列。大多数序列专一的 DNA 结合蛋白都是这样工作的，所以这些沟就是基因调控赖以建立的阅读表面。