真核生物的基因调控与表观遗传学

基因调控的层级(levels of gene control)

想象一本固定不变的食谱——基因组——它摆在厨房里,从不改动。从这同一本固定的书出发,肝细胞的厨房做出胆汁蛋白和解毒酶,而神经元的厨房用着一份一模一样的书的副本,却做出离子通道和神经递质机器。指令相同,产物却天差地别。怎么做到的?答案是:从基因到能干活的蛋白质之间有许多环节,细胞可以在每一处插手,说要、不要、多一点、少一点、晚一点、或只在这里不在那里。

在真核细胞里,从基因走到有活性的蛋白质是一条长长的流水线,每一个工位都能设一个控制点。首先,DNA可能被紧紧缠绕在染色质里,机器连碰都碰不到;也可能被松开,让机器够得着——这是染色质层级的控制。接着,一个基因可能被转录成RNA,也可能不被转录,速率多快也是变量——转录层级的控制,是最大的杠杆。新生的RNA必须被加工——加帽、剪接、加尾——这里的可变剪接还能让一个基因造出不同的蛋白质。造好的信使RNA可以被运到细胞里某个特定位置,可以被扣住,也可以被迅速销毁——这是RNA稳定性和定位的控制。RNA可能被翻译成蛋白质,也可能不被翻译,翻译有快有慢——翻译层级的控制。最后,蛋白质本身还能被开启或关闭、被标记销毁、或被修饰——这是蛋白质活性的控制。细胞可以在任意一个层级出手,常常同时在好几个层级一起出手。

这为什么重要?因为它正是一个由单一基因组构成的身体能够包含数百种不同细胞类型的原因,也是这些类型能各守其分的原因。细菌活得快、过得省,调控大多在转录起始处完成。真核生物要搭建精巧的多细胞身体,这身体必须能发育、能长久维持,于是它在每一个层级都叠上控制——这正是真核调控为何如此丰富。当你读到转录因子、组蛋白密码、微小RNA或DNA甲基化时,你读到的都是这同一架梯子上的不同横档。

血红蛋白的β-珠蛋白基因在皮肤细胞里被关在紧密染色质中(染色质层级关闭),但在红细胞前体里,染色质打开,转录因子结合,基因被大力转录,它的RNA被剪接、被稳定,翻译全速运转——每一个层级的控制都指向同一个方向。

一个基因,多道闸门:细胞可在DNA与蛋白质之间的任意阶段出手。

真核生物比细菌调控得多,不是因为它们的基因“更好”——而是因为搭建和维持一个多细胞身体,需要稳定、精细、按细胞类型区分的控制。这些额外的层级是复杂性的代价,不是白送的升级。

又称
stages of gene regulationtiers of expression control基因表达调控层次