RNA干擾（RNA interference）
/ RNAi = 'R-N-A-eye' /
在CRISPR之前，若你想把一個基因調低以觀察其功能，首選的妙招是RNA干擾。它不去觸碰DNA，而是在基因的資訊被抄成RNA之後將其攔截。其思路是通過摧毀或阻斷一個基因的信使RNA來使該基因沉默，於是被造出的蛋白質大為減少——這是「敲低」而非永久性的剔除。值得稱道的是，這是一套細胞本就用來調控基因、抵禦病毒的天然系統。
RNA干擾由雙鏈RNA觸發。一種叫Dicer的細胞酶把長的雙鏈RNA切成約21個字母長的短片段；每個片段的一條鏈被裝入一個叫RISC的蛋白質複合物（其核心蛋白是Argonaute）。裝載好的短RNA此時充當一條搜索指令：通過鹼基配對，它引導RISC去找任何攜帶匹配序列的信使RNA，RISC隨後要麼把那條信使切碎，要麼阻止它被翻譯。在實驗室裡，你引入自己設計的、與想沉默基因匹配的短干擾RNA（siRNA），其餘的便由細胞自身的機器完成。細胞天然的微RNA用的正是同一條途徑來微調基因。
RNA干擾曾是功能研究的一場革命，並贏得諾貝爾獎，至今仍然有用——它快、在許多生物中都管用，還能敲低那些不易刪除的基因。但與CRISPR剔除相比，要誠實面對它的限制：沉默通常是部分的（敲低，而非歸零），除非持續供給否則是暫時的，而且容易有脫靶效應，因為一段短RNA可能與非預期的信使部分匹配。要造成徹底、永久的功能喪失，CRISPR剔除往往更乾淨；而要快速、可逆、可調地把基因調低，RNA干擾仍有其一席之地。
引入一段與某基因信使RNA匹配的短干擾RNA，幾小時內細胞的RISC複合物就把那條信使切碎，於是該基因的蛋白質驟降——這是一種快速、可逆的敲低。
沉默資訊而非基因——一種可逆的調低。
RNA干擾是把基因敲低，而非剔除——通常仍有殘餘蛋白質，且效應是暫時的。把RNAi結果當作徹底的功能喪失，可能導致對基因功能的錯誤結論。