表位/親和標籤（epitope / affinity tag）

想像給一件物品縫上一個獨特的小把手，這樣你就能在人群中隨時抓住它或認出它。在蛋白工作中，生物學家正是這麼做：他們用基因手段在蛋白上加一段短的、標準化的序列，從而有一種可靠的辦法去檢測它，或把它從混亂的混合物裡拽出來。這個附加物叫標籤，而蛋白加標籤就構成融合蛋白。

標籤有兩種相互交疊的類型，都是透過把編碼標籤的額外DNA融合到你的基因上來附加，使蛋白在合成時就自帶標籤。表位標籤是一段短肽，一種眾所周知的抗體會緊緊結合它（例如FLAG、HA、Myc）。由於有現成的抗體辨識它，你就能檢測、定位或純化任何戴著該標籤的蛋白——當蛋白本身沒有好抗體時尤其方便。親和標籤則是一種能結合特定基質的標籤，讓你只需把細胞提取液流過該基質即可純化蛋白；標籤黏住，其餘一切被洗掉，再把純蛋白洗脫下來。經典例子是His標籤（六個組氨酸），它結合鎳柱。一個標籤常常同時擔任兩種角色。

標籤是蛋白純化和檢測的日常工具。它讓你能一步就從成千上萬種蛋白裡釣出某一種，用一種標準抗體在西方墨點法上檢測它，或捕獲它的結合夥伴（pull-down實驗）。代價與任何融合相同：標籤是外來的額外質量，偶爾會干擾折疊、活性或定位，所以標籤常被放在末端，有時事後還會用一種在內置位點切割的蛋白酶把它去掉。