結合焓

結合焓是藥物扣住標靶這一能量故事中的熱含量部分。粗略地說，它反映實際形成的鍵與接觸有多好：一個有利的（負的）焓意味著藥物新形成的氫鍵、鹽橋和凡得瓦接觸，比它與口袋為之放棄的與水的接觸更強、更匹配。

焓是結合自由能的兩大成分之一，另一個是熵。它常用等溫滴定量熱法（ITC）直接測量，該方法偵測配體與蛋白結合時釋放或吸收的微小熱量。一個強烈由焓驅動的結合物，通常擁有一組形成良好、定位精確的極性交互作用。

許多化學家青睞由焓驅動的結合物，因為緊密、專一的極性接觸被認為比單純埋藏油膩表面更難實現，也能給出更乾淨的選擇性。但這只是趨勢而非定律：焓和熵透過焓–熵補償相互抵換，因此一個新氫鍵帶來的焓增益常常被熵損失奪回，最終只有合併後的自由能才決定親和力。