结构基序

在整个结构域的层级之下，蛋白质里满是细小、反复出现的图案——几条排布恰到好处的螺旋，一个由两条链股组成的发夹，一个抓住金属离子的小环。这些迷你图案，在许多蛋白质中重复出现，被称为基序。如果说结构域是一个词，那么基序就是反复出现的常见音节或字母组合。

这个词有两种相关的用法。结构基序（有时称为超二级结构）是几个二级结构单元的一种小巧、可辨认的排布——例如螺旋-转角-螺旋，两条短螺旋以一定夹角摆放、合起来恰好嵌入 DNA 的大沟；或者β发夹，两条链股由一个紧急转角相连。序列基序则是一段短而保守的氨基酸序列，标志着某种特定功能或修饰位点，比如标记糖类附着位置的那几个残基。两者常常相伴：一段保守的序列往往折叠成一种保守的形状。

基序之所以有用，是因为它们有预测力。看到一个螺旋-转角-螺旋，你大可断定这个蛋白质会结合 DNA；看到某个特定的序列基序，你就能猜到它会被磷酸化或糖基化。它们是比结构域低一级的构件，识别它们正是生物学家仅凭序列或结构就对一个蛋白质的工作做出快速、有据猜测的方法——这是一个有待检验的猜测，而非确凿无疑，因为同一种形状偶尔也会做不同的事。