位点特异性重组（site-specific recombination）

同源重组需要长长的匹配序列，并且几乎能在它们对齐的任何地方发生。位点特异性重组在精神上恰恰相反：它是一种受控的切割与重接，只发生在由专门的酶所识别的、短而确定的DNA序列处。它不太像一般的修复过程，更像是在基因组中两个精确「地址」之间进行的可编程拼接。

一种专门的酶，即位点特异性重组酶，识别某一段特定的短序列——它的识别位点——无论它出现在何处；该酶结合两个这样的位点，在二者处都干净地切断DNA骨架，交换断端，再重新封合，全程不丢失也不增加哪怕一个碱基。结局取决于两个位点的排列方式：同一分子上方向一致的位点会使二者之间的DNA环出并被删除，方向相反的位点会使那段序列翻转（倒位），而位于两个独立DNA分子上的位点则使它们融合。经典的Cre-lox和FLP-FRT系统正是这样工作的。

细胞和病毒把它用于要求精确的工作。λ噬菌体通过位点特异性重组，把自己的基因组整齐地整合进宿主染色体上一个选定的位点；一些细菌则把一段DNA来回翻转，以开启或关闭某些基因。同一套机器也已成为实验室的主力：通过在一个基因周围放置识别位点，研究者可以在选定的组织、选定的时间删除、倒置或激活它——这是普通重组无法提供的、对基因组的外科手术般的控制。