扩增、测序与核酸分析
PCR引物(PCR primer)
如果说PCR是复印机,那么引物就是两个书签,告诉它你想要的那段文字究竟从哪里开始、到哪里结束。没有引物,复制酶就不知道该从何起步,你也复制不出有用的东西。引物正是你把PCR对准整个基因组中某一段特定DNA的手段。
引物是一小段单链DNA,通常长约18到25个碱基,在实验室里设计成与目标某一端互补。一次PCR使用一对引物:正向引物匹配目标一条链上的起始端,反向引物匹配另一条链上的另一端。退火步骤中,它们与各自匹配的序列碱基配对(A-T、G-C)。DNA聚合酶无法凭空开始一条新链——它只能在已有的3'端上添加——所以结合上去的引物提供了这个起步把手,酶便从它向外延伸。由于两条引物都必须找到各自的精确匹配,它们以很高的特异性界定了目标:只有位于两个引物位点之间的DNA才会被扩增。
好的引物设计是一管成功PCR背后默默无声的核心。引物太短、或碰巧与基因组其他位置匹配,就会扩增出错误的东西;两条引物彼此粘连会形成“引物二聚体”,白白浪费试剂。它们的熔解温度决定你所采用的退火温度。设计出合适的一对引物,就能让同一套简单的PCR机器今天瞄准一个病毒基因、明天瞄准一个人类致病突变——你只需换掉书签。
要扩增一段500碱基对的基因片段,你订购一条匹配其前20个碱基的正向引物,和一条匹配其末尾20个碱基互补序列的反向引物。最终只有跨越这两个锚定位点的DNA——连同引物本身——会作为产物出现,大小清晰可预测。
一对引物框住目标,并为酶提供3'端的起点。
引物并不是靠魔法“找到”目标——如果一条引物的序列与基因组中某个非预期位点部分匹配,PCR也会乐于扩增那个错误区域,产生误导性的条带。
又称
另见