纳米孔长读长测序（nanopore long-read sequencing）

如果不去复制DNA再读副本，而是把一条原始的DNA分子直接穿过一个微小的孔、在它经过时感测每个碱基，会怎样？这正是纳米孔测序所做的事。它是一种第三代、单分子的方法，其标志性优势是一口气读出极长的DNA片段。

纳米孔是嵌在膜上的一个蛋白通道，有一股微弱的离子电流穿过它。一条单链DNA被送过该孔，当碱基经过最窄处时会部分地阻挡电流。不同的碱基（以及碱基的短组合）阻挡的程度略有不同，于是电流随时间的起伏实际上就是一段记录，可被解码回序列。因为你读的是一条连续分子滑过的过程，读长可以极长——上万碱基，有时远不止——主要受限于你能完整递送的DNA分子有多长。

长读长能解决短读长无法解决的问题：它们可以跨越重复区域和结构重排，有助于无缝隙地拼装基因组，甚至能直接从电流信号检出DNA甲基化等化学修饰。这类设备可以小巧便携，使野外测序成为可能。诚实的代价是准确度：单碱基错误率历来高于短读长的边合成边测序，尽管已显著改善。实践中，实验室常把长的纳米孔读长（看结构）与准确的短读长（看细节）配对使用，各取所长。