离子相互作用

离子相互作用就是异性电荷之间最简单的吸引，正如一块正磁极和一块负磁极相互吸引。在结合位点中，药物上带正电的基团被靶点上带负电的基团吸引，反之亦然。在所有非共价作用力中，它原则上是最强的之一，甚至在近程接触尚未起作用之前，就能跨越口袋远距离地发挥拉力。

这种库仑吸引的强度极大地依赖于周围环境。在真空中它会非常巨大，但水和蛋白自身的极性基团会屏蔽电荷，显著削弱这股拉力。局部介电环境——电荷是暴露于水中还是埋藏在油腻口袋里——可使同一对电荷的价值天差地别。

在实践中，离子基团是把双刃剑。它们能带来活性、把选择性导向某个带电残基，但永久电荷或强可电离基团往往损害膜的通透性和口服吸收。药物化学家常常调节碱性或酸性基团的 pKa，以在结合力与分子需穿膜的需求之间取得平衡。