苗头识别与筛选
DNA编码化合物库
想象一个巨大仓库里每件商品都带有唯一条形码,于是你可以把所有东西倒进一个箱子,问“谁会黏在这个靶点上?”,再读出胜出者的条形码,便能确切知道它们是什么。DNA编码化合物库就是把这一思路用于化学:每个化合物都物理连接着一段短而唯一的DNA,像条形码一样记录它的合成历史。
由于DNA标签能标识分子,整个库——常达数百万到数十亿种不同化合物——可以混在一起、在单个试管中一并筛选。把靶点(通常是纯化蛋白)暴露于混合物中;结合的分子被捕获,不结合的被洗去,存活者的DNA标签经扩增后由测序读出。出现频率最高的条形码指向结合最好的化合物。
DEL以低成本提供数量惊人的化合物,但权衡是实实在在的:DNA标签本身可能影响结合,苗头必须脱去DNA重新合成(“脱DNA”再合成)以确认其真正有效,而读出的是富集程度,而非干净的活性数值。和所有筛选一样,DEL产出的是有待验证的先导物,而非现成答案。
一个40亿成员的DEL对固定化靶点进行淘选;测序揭示出几个被富集的化学家族,将其脱DNA重新合成,确认为微摩尔级结合物。
DNA条形码让数十亿化合物在一个试管中筛选,并通过测序解码。
DEL筛选报告的是哪些条形码被富集,而非化合物有多强。决定性的一步是脱去DNA标签重新合成苗头并测量真实活性。
又称
另见