覆蓋度/定序深度（coverage / depth）

想像給一頁文稿校對，辦法是讓許多人各讀幾行彼此重疊的內容。如果這一頁上的每個位置都被比如說三十個不同的人讀過，那麼即使某一個讀者看走了眼，你仍可信賴大多數人的共識。定序覆蓋度（或深度）對DNA而言正是這個思路：基因組中每個位置被多少條獨立的讀長覆蓋。

由於單條定序讀長既短又有一定錯誤率，一次定序實驗會有意地從許多不同片段把同一區域反覆讀多遍。某個位置的覆蓋度就是與它重疊的讀長數目；整體深度記作如30x，意思是平均每個鹼基被讀了約三十遍。深度越高，對每個鹼基的獨立觀察就越多，於是與參照之間真正的差異清晰凸顯，而隨機讀取錯誤會被多數票壓下去。覆蓋度在基因組上通常並不均勻——某些區域，尤其是重複區或GC含量極端的區域，得到的讀長較少，因而讀得不那麼可靠。

深度是定序中最重要的品質旋鈕之一，並直接決定你能下什麼結論。要有把握地判定一個雜合變異（你的兩份基因拷貝中有一份不同），需要足夠深度才能同時看到兩種版本；要檢出只存在於百分之幾細胞中的稀有突變（如腫瘤），則需要非常高的深度。但「更多」並非免費：深度耗費定序通量和金錢，所以實驗會被設計成達到與問題相稱的目標深度。一個僅靠低深度下一兩條讀長支持就聲稱檢出突變的說法，理應被健康地懷疑。