原核生物的擬核與質粒
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細菌沒有細胞核，沒有整齊的 46 條染色體「全家福」，也幾乎沒有內含子。它的基因組以一種截然不同、更精簡的方式組織。想像一根 DNA 橡皮筋在敞開的細胞質中緊緊盤繞，旁邊還漂浮著幾個可在細胞間交換的小環。
大多數細菌和古菌把它們的主基因組作為一條通常為環狀的染色體，裝進一個叫擬核的區域——它不像真正的細胞核那樣有膜包被，而是一團緻密、有組織的團塊，靠超螺旋和結構蛋白（在角色上類似組蛋白，分子上則大多不同）維持緊湊。這個基因組緊湊且基因密集：非編碼 DNA 很少，內含子很少或沒有，而承擔同一項任務的基因常被串在一個控制區下、構成一個操縱子，被轉錄成單條信使 RNA。在染色體之外，許多細菌還攜帶質粒——獨立的 DNA 小環，能自行複製，攜帶的是有用的「額外品」（如抗生素抗性基因）而非必需品。
這種組織方式在兩大方面很重要。第一，質粒可以從一個細菌傳給另一個（水平基因轉移），這正是抗生素抗性傳播如此之快的原因，也是它成為嚴重醫學問題的原因。第二，質粒是分子生物學與生物技術的主力工具：它們易於被攝取和複製，使其成為把工程化基因送進細胞的標準載體。與那個龐大、用染色質包裝、富含內含子的真核基因組相比，這種反差是生命世界中最深的分野之一。
大腸桿菌（Escherichia coli）把它約 460 萬鹼基對的基因組放在一條環狀染色體上，在擬核中超螺旋盤繞，此外還可能攜帶質粒——能在細胞間穿梭、運送抗生素抗性基因的 DNA 小環。
一條緊湊、基因密集的環狀染色體，外加可有可無的質粒——這就是細菌的方式。
「沒有細胞核」不等於「沒有組織」：擬核靠超螺旋和蛋白質被高度結構化。而且並非所有細菌染色體都是單個環——有些物種有線性染色體或多條染色體，所以「一條環狀染色體」是常見情形，而非普適定律。