計算與電腦模擬方法
分子描述符
分子描述符是一個能概括分子某一特徵的數字,它把複雜的結構變成電腦可以比較和學習的數據。這就像用身高、體重或年齡來描述一個人:每個數字都丟掉了細節,卻讓這個人可以被排序,也能與他人相比較。
描述符從簡單到精細各不相同。組成型描述符只是計數,例如分子量或氮原子的個數。物理化學描述符則估計親脂性或極性表面積等性質。更複雜的拓撲和三維描述符把分子的形狀與連接關係編碼成數字。把一組描述符放在一起,便構成餵給 QSAR 或機器學習模型的特徵向量。
其中的門道在於:要挑選確實與你想預測的性質相關的描述符,並牢記每一個描述符忽略了什麼。把一個分子壓縮成單個數字的描述符必然會丟失資訊,因此兩個迥然不同的分子可能取相同的值。好的做法是審慎地組合多種描述符,並驗證它們對當前問題確實攜帶有效訊號。
分子指紋可以看作一種特殊的高維描述符,由許多位元組成,專為相似性比較而設計,而非用來刻畫某一可解釋的單一性質。
又稱
另見