微小 RNA（microRNA, miRNA）
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想像一個帶著幾十個小旋鈕的恆溫器，每個旋鈕都在輕輕地把某個電器往上或往下調一點，而不是猛地把它整個開到底或關到底。微小 RNA 就是細胞用來微調基因活性的那一套旋鈕。它們是細胞用自己的基因組製造出來的微小 RNA 分子，任務是把目標基因的產出調低——通常調一點，有時調很多——讓整個系統保持平衡。
準確地說，微小 RNA 是一條短的單鏈 RNA，約 22 個字母長，由細胞用自己的 DNA 製造、但從不轉譯成蛋白質。每條微小 RNA 與一條或多條信使 RNA 上相匹配的位點配對（往往並不完美），並把一個沉默複合物（與 RNA 干擾所用的同一個 RISC）引導到那些訊息上，那些訊息隨後被去穩定、或被阻止轉譯。由於配對是鬆散的，單條微小 RNA 可以瞄準幾十甚至幾百個不同的基因，而單個基因也可以同時被好幾條微小 RNA 調節。
微小 RNA 之所以重要，是因為它們在轉錄之上又添加了一整層調控：即便一個基因已經被抄寫成信使 RNA，微小 RNA 仍決定這條訊息中有多少真正變成蛋白質。它們在發育、免疫和維持細胞穩定中都處於中心位置，而它們的模式在許多癌症和其他疾病中會出錯——以至於血液中的微小 RNA 水平被當作疾病標誌物來研究。誠實的提醒：正因為每條微小 RNA 觸及那麼多基因，要釐清其中任何一條在某個特定細胞裡究竟做了什麼，確實很難。
最早發現的微小 RNA，是一種小線蟲體內的 lin-4，它控制著發育的時機：當它在恰當的時刻把目標基因調低時，線蟲便推進到下一個幼蟲階段——而缺了它的突變線蟲會把時機搞錯。
lin-4：為線蟲發育掌握時機的那條微小 RNA。
微小 RNA 和 RNA 干擾共用同一套下游機器，但它們不是一回事：微小 RNA 是基因組編碼的、正常調控細胞自身基因的調控者，而 RNA 干擾是用小段 RNA 來沉默的那個更寬泛的過程（常帶防禦性，也被用作實驗室工具）。