大溝與小溝（major and minor grooves）

用手指順著一根擰過的繩子或一根拐杖糖滑過去，你會摸到一道螺旋形的溝。DNA 雙螺旋也有溝，而由於它的兩條骨架在螺旋上並不是均勻分布的，這些溝便有了兩種大小——一道寬闊的大溝和一道狹窄的小溝。這些溝正是蛋白質在從不打開 DNA 的情況下閱讀它的地方。

當兩條反向平行的鏈相互扭轉時，骨架在一側靠得更近、在另一側離得更遠，於是沿分子盤旋而下刻出兩條寬度不等的螺旋形通道：寬闊的大溝和較窄的小溝。鹼基對的邊緣朝這些溝裡露出來，而關鍵在於，寬闊大溝裡所呈現的化學圖案，對每一種鹼基對都不同（A-T 與 T-A 與 G-C 與 C-G 各異）。那圖案就像一種盲文，蛋白質能用觸覺讀出來。

這些溝之所以重要，是因為它們正是細胞從外部讀取一個基因序列的方式。像轉錄因子這樣的蛋白質會把自身的一部分——常常是一段小螺旋——插進大溝，讀取暴露在外的鹼基邊緣，從而在不解開鏈的情況下識別一段特定序列。大多數序列專一的 DNA 結合蛋白都是這樣工作的，所以這些溝就是基因調控賴以建立的閱讀表面。