編輯中雙鏈斷裂修復途徑的抉擇（DSB repair choice）

一旦編輯工具在選定位點把DNA雙螺旋的兩條鏈都剪斷，編輯器自身的任務基本就完成了。接下來發生什麼——因而你的編輯究竟成了什麼——取決於細胞的兩大修復途徑中哪一條抓住了斷端。所以基因組編輯很大程度上歸結於這個岔路口，以及把細胞推向你想要那條支路的本領。

第一條、也是更快的途徑是非同源末端連接（NHEJ）：細胞乾脆把兩個斷端拉回一起黏上，沒有任何參照副本可供核對。這很快，卻易出錯，往往在接口處啃掉或添上幾個鹼基，留下一小段插入或缺失（「插入缺失」）。如果這個斷裂落在某個基因裡，這段插入缺失通常會移動閱讀框、毀掉該基因——這正是製造乾淨剔除的辦法。第二條途徑，同源定向修復（HDR），更慢也更挑剔：它以一段完整的匹配DNA序列為模板照樣複製，恢復原狀——或者，若你偷偷塞給細胞一段定製模板，就裝入你想要的精確改變。NHEJ傾向於破壞，HDR則能建造你所指定之物。

了解這個岔路口，便能解釋編輯既便利又令人沮喪的兩面。剔除之所以容易，是因為NHEJ始終開著且可靠地致失活。精確編輯之所以困難，是因為HDR大多只在分裂細胞中、於細胞週期一段狹窄的窗口內才活躍，即便如此，競賽通常仍是NHEJ勝出。現代編輯技術很大一部分就是在扳動這場競爭——把握切割時機、抑制NHEJ、灌入大量模板——或者用鹼基編輯、先導編輯徹底繞開斷裂。