蛋白質結構與功能

胺基酸的分類

一下子把二十種胺基酸全記在腦子裡太多了。於是化學家按側鏈的性格把它們分成幾個家族,就像你會把工具抽屜分成「切割」「抓握」「測量」幾類一樣。知道一個胺基酸屬於哪個家族,就能一眼看出它在蛋白質內部會如何表現。

最有用的分類有四個家族。非極性(疏水)胺基酸——如亮胺酸、纈胺酸、苯丙胺酸——側鏈油膩、怕水;在水中它們退縮,往往聚集到蛋白質的內部。極性(不帶電)胺基酸——如絲胺酸、蘇胺酸、麩醯胺酸——側鏈能與水形成氫鍵,所以樂意待在表面。酸性胺基酸——天門冬胺酸和麩胺酸——側鏈會失去一個質子,在體內的酸鹼度下帶負電。鹼性胺基酸——離胺酸、精胺酸、組胺酸——側鏈會接上一個質子,最終帶正電。(甘胺酸、脯胺酸、半胱胺酸等特例略在此體系之外。)

這種分類並非為整理而整理;它能預測結構。由於怕水的側鏈把自己埋起來、親水的朝外,序列上非極性與極性殘基的排布模式,正是驅動折疊的主要因素。電荷相反的側鏈彼此形成鹽橋,把折疊釘牢;許多蛋白質正是靠成簇的鹼性殘基去抓握帶負電的 DNA 骨架。讀懂家族,你就開始讀懂蛋白質了。

一個跨膜蛋白把這條規則展現得淋漓盡致:埋在油性膜內的那一段滿是非極性胺基酸,而探入含水的細胞內部的環則富含極性與帶電的胺基酸。

側鏈家族能預測每個殘基的去向——埋在內部、留在表面,還是與搭檔配對。

這些分類的邊界是模糊的:組胺酸視環境可帶正電也可中性;甘胺酸、脯胺酸、半胱胺酸各以自己的方式打破這一體系。把家族當作指南,而非鐵律。

又稱
amino acid grouping氨基酸分组胺基酸分組