流產式起始與啟動子清離（abortive initiation and promoter clearance）

凡是推過拋錨汽車的人都知道，最難的是頭一米——一旦滾動起來，就輕鬆了。RNA聚合酶也有同樣的難處。在還錨定於啟動子時把頭幾個核苷酸連接起來，既彆扭又易錯，酶往往要「結巴」好幾次，才終於掙脫、順暢地滾入延伸。流產式起始與啟動子清離，描述的正是這笨拙卻關鍵的開端。

聚合酶最初打開DNA、開始連接核苷酸時，仍緊緊抓著啟動子。隨著短小的新生RNA增長，酶不得不在不鬆開上游的情況下把下游DNA捲進來——一種緊繃、蜷縮的狀態。它常常失敗：把那條小RNA（往往只有2到10個核苷酸長）釋放掉、從頭再來，一次又一次。這種反覆製造又釋放無用短轉錄本的過程，就是流產式起始。只有當RNA達到某個臨界長度，酶才斷開與啟動子及起始因子（細菌中的西格瑪因子，或真核中的通用因子）的接觸、認下這條轉錄本，轉入一個穩定的延伸複合物。這一掙脫，就是啟動子清離（也叫啟動子逃逸）。

這一階段之所以重要，是因為它是一個真實的、可調控的瓶頸——而非一道形式。清離啟動子的難易，幫助決定一個基因發動得多高產：有些調控因子正是靠幫助或妨礙逃逸、而非靠妨礙最初的結合來起作用。在真核生物中，一個密切相關的檢查點——啟動子近端暫停——會在Pol II剛起步後把它扣住，只在收到信號時才放行，從而給細胞提供了一條把基因徹底開啟的快速途徑。所以，那彆扭的頭幾個核苷酸並非可以無視的浪費——它們是轉錄的控制槓桿之一。