序列同源性（sequence homology）

两个堂表兄弟同姓，不是因为他们碰巧长得像，而是因为他们出自同一位祖父。在生物学里，当两条序列共有这种共同祖先时，就称为同源——它们不是巧合地相似，而是同一条祖先序列遗留下来的两个版本。同源性讲的是历史，而不只是长得像。

下面这点很微妙，常把人绊倒。相似度是你测量出来的——你把两条序列比对，数有多少个位点相同。同源性是你由相似度推断出来的——是“两者共有一个共同祖先”这个结论。两条序列要么同源、要么不同源；并不存在“65%同源”这种说法（那个数字是相同度，是相似度的一种量度）。当两个基因有一长段匹配的程度远超随机巧合所能解释时，最简单的解释就是共同起源，所以我们称它们同源。同源也可以是局部的：两个蛋白质可能共享一个同源的结构域，像借来的一个模块，而其余部分各有各的来源。

为何重要：同源性是让发现在物种间传递的桥梁。如果一个研究透彻的人类基因与某个酵母基因同源，那么酵母里的版本往往做着相关的工作，于是在酵母里做的实验能照亮人类生物学。拿到一条新序列时，生物学家做的第一件事就是用序列搜索（用为比对打分的工具）来识别同源性。要避免的常见错误是：仅因功能上相像就把两样东西称为同源——类似性（analogy），如鸟翼与昆虫翅，是趋同而来的，并不同源。