編碼腦-解碼腦配對

BBI 的最小單元是兩名角色固定且不對稱的參與者：一名編碼者（傳送方），其腦活動被讀取以產生訊息；一名解碼者（接收方），訊息被寫入其腦中。在動物研究裡角色是字面上的——Pais-Vieira 等人（2013）訓練一隻編碼大鼠執行辨別作業，並把其體感或運動皮質活動以微刺激傳給解碼大鼠，後者須重現該選擇。在人類研究裡，傳送方使用運動想像或穩態視覺誘發電位（SSVEP），接收方的皮質則由經顱磁刺激（TMS）刺激。

此不對稱是界定性的性質，而非早期硬體的偶然。讀取與寫入大腦是兩種截然不同、成熟度差異極大的操作，因此效能被較弱的一端所封頂——解碼動物通常遠高於隨機水準，卻遠低於編碼動物。雙向或對等式連結（兩腦同時讀取與寫入）幾乎尚未嘗試，且會把尚未解決的寫入端問題成倍放大。