编辑中双链断裂修复途径的抉择（DSB repair choice）

一旦编辑工具在选定位点把DNA双螺旋的两条链都剪断，编辑器自身的任务基本就完成了。接下来发生什么——因而你的编辑究竟成了什么——取决于细胞的两大修复途径中哪一条抓住了断端。所以基因组编辑很大程度上归结于这个岔路口，以及把细胞推向你想要那条支路的本领。

第一条、也是更快的途径是非同源末端连接（NHEJ）：细胞干脆把两个断端拉回一起黏上，没有任何参照副本可供核对。这很快，却易出错，往往在接口处啃掉或添上几个碱基，留下一小段插入或缺失（「插入缺失」）。如果这个断裂落在某个基因里，这段插入缺失通常会移动阅读框、毁掉该基因——这正是制造干净敲除的办法。第二条途径，同源定向修复（HDR），更慢也更挑剔：它以一段完整的匹配DNA序列为模板照样复制，恢复原状——或者，若你偷偷塞给细胞一段定制模板，就装入你想要的精确改变。NHEJ倾向于破坏，HDR则能建造你所指定之物。

了解这个岔路口，便能解释编辑既便利又令人沮丧的两面。敲除之所以容易，是因为NHEJ始终开着且可靠地致失活。精确编辑之所以困难，是因为HDR大多只在分裂细胞中、于细胞周期一段狭窄的窗口内才活跃，即便如此，竞赛通常仍是NHEJ胜出。现代编辑技术很大一部分就是在扳动这场竞争——把握切割时机、抑制NHEJ、灌入大量模板——或者用碱基编辑、先导编辑彻底绕开断裂。