活性依賴轉錄記錄

這類工具把短暫的神經活動片段轉換為穩定、可日後讀取的分子標記，把快速的電事件整合到緩慢的生化基質上。符合偵測系統需要鈣升高與實驗者控制的光照時窗兩者同時具備才會開啟——例如一種可光轉換蛋白，在放電與紫光同時發生時永久變色；或以蛋白酶為基礎的閘門，在鈣與光重疊時釋放一個轉錄因子，再驅動報導基因或效應基因的表現。

其結果是對某一界定行為時窗內活躍神經元的永久基因標記，日後可重訪、成像、定序或再活化。代價在於時間解析度：由於讀出是基因表現，這些系統會在數分鐘尺度上整合，並標記一個集群，而非解析個別動作電位。最好將其理解為活動的分子快照，與即時的電學或光學記錄互補。