序列同源性（sequence homology）

兩個堂表兄弟同姓，不是因為他們碰巧長得像，而是因為他們出自同一位祖父。在生物學裡，當兩條序列共有這種共同祖先時，就稱為同源——它們不是巧合地相似，而是同一條祖先序列遺留下來的兩個版本。同源性講的是歷史，而不只是長得像。

下面這點很微妙，常把人絆倒。相似度是你測量出來的——你把兩條序列比對，數有多少個位點相同。同源性是你由相似度推斷出來的——是「兩者共有一個共同祖先」這個結論。兩條序列要麼同源、要麼不同源；並不存在「65%同源」這種說法（那個數字是相同度，是相似度的一種量度）。當兩個基因有一長段匹配的程度遠超隨機巧合所能解釋時，最簡單的解釋就是共同起源，所以我們稱它們同源。同源也可以是局部的：兩個蛋白質可能共享一個同源的結構域，像借來的一個模組，而其餘部分各有各的來源。

為何重要：同源性是讓發現在物種間傳遞的橋樑。如果一個研究透徹的人類基因與某個酵母基因同源，那麼酵母裡的版本往往做著相關的工作，於是在酵母裡做的實驗能照亮人類生物學。拿到一條新序列時，生物學家做的第一件事就是用序列搜尋（用為比對打分的工具）來識別同源性。要避免的常見錯誤是：僅因功能上相像就把兩樣東西稱為同源——類似性（analogy），如鳥翼與昆蟲翅，是趨同而來的，並不同源。