奈米孔長讀長定序（nanopore long-read sequencing）

如果不去複製DNA再讀副本，而是把一條原始的DNA分子直接穿過一個微小的孔、在它經過時感測每個鹼基，會怎樣？這正是奈米孔定序所做的事。它是一種第三代、單分子的方法，其標誌性優勢是一口氣讀出極長的DNA片段。

奈米孔是嵌在膜上的一個蛋白通道，有一股微弱的離子電流穿過它。一條單鏈DNA被送過該孔，當鹼基經過最窄處時會部分地阻擋電流。不同的鹼基（以及鹼基的短組合）阻擋的程度略有不同，於是電流隨時間的起伏實際上就是一段記錄，可被解碼回序列。因為你讀的是一條連續分子滑過的過程，讀長可以極長——上萬鹼基，有時遠不止——主要受限於你能完整遞送的DNA分子有多長。

長讀長能解決短讀長無法解決的問題：它們可以跨越重複區域和結構重排，有助於無縫隙地拼裝基因組，甚至能直接從電流信號檢出DNA甲基化等化學修飾。這類設備可以小巧便攜，使野外定序成為可能。誠實的代價是準確度：單鹼基錯誤率歷來高於短讀長的邊合成邊定序，儘管已顯著改善。實踐中，實驗室常把長的奈米孔讀長（看結構）與準確的短讀長（看細節）配對使用，各取所長。