分子動力學（molecular dynamics）

想象一本翻頁動畫書，每一頁都是稍後一個瞬間的世界。分子動力學為原子畫出這樣一本翻頁書：它算出此刻每個原子上的受力，把它們全都向前推一小段時間，再重新計算、重複——成千上萬乃至上百萬次——直到一部分子的影片浮現出來。

更準確地說，分子動力學是一種模擬方法，它透過反覆運用牛頓定律來追蹤原子的運動。在每一個極小的時間步上，它從一個相互作用模型算出每個原子的受力，更新每個原子的位置和速度，再向前邁一步。結果是一條軌跡：每個原子穿越時間的路徑，由此可以測出溫度、擴散，以及結構如何變化。

為什麼重要：它揭示出物質實際運動、抖動的行為——蛋白質如何擺動、液體如何流動、晶體如何熔化——這些是靜態圖像和平均值無法呈現的。一個提醒：它遵循經典力學並採用一個選定的力模型，所以可能漏掉量子效應，而且它只能覆蓋計算機所允許的時間和規模。許多有趣的事件，單純就是慢到在可行的運行時間內根本到不了。