離子交互作用

離子交互作用就是異性電荷之間最簡單的吸引，正如一塊正磁極和一塊負磁極相互吸引。在結合位點中，藥物上帶正電的基團被標靶上帶負電的基團吸引，反之亦然。在所有非共價作用力中，它原則上是最強的之一，甚至在近程接觸尚未起作用之前，就能跨越口袋遠距離地發揮拉力。

這種庫侖吸引的強度極大地依賴於周圍環境。在真空中它會非常巨大，但水和蛋白自身的極性基團會屏蔽電荷，顯著削弱這股拉力。局部介電環境——電荷是暴露於水中還是埋藏在油膩口袋裡——可使同一對電荷的價值天差地別。

在實務中，離子基團是把雙刃劍。它們能帶來活性、把選擇性導向某個帶電殘基，但永久電荷或強可解離基團往往損害膜的通透性與口服吸收。藥物化學家常常調節鹼性或酸性基團的 pKa，以在結合力與分子需穿膜的需求之間取得平衡。