原核域的系统发生结构：原初的诸界
通过解读生命最古老的分子，他们发现细胞并非两类，而是三类——还有一整个被隐藏的界。
为了寻找生命之树上最深的枝桠，两位科学家找到了一条谁都不曾画过的枝——第三种生命，就藏在众目睽睽之下。
生命不是两类，而是三类
很长一段时间里，生物学把一切生命塞进两个盒子：没有细胞核的简单细胞（细菌），和有细胞核的复杂细胞（其余一切——我们、植物、真菌）。卡尔·沃斯怀疑这漏掉了什么，因为这种分法是按细胞「长什么样」来分的，而不是按它们彼此「有多亲」。
于是他挑了一个每个活细胞都携带的分子：核糖体 RNA——那台造蛋白质的小机器的一部分。比对它在不同生物之间的序列，他就能直接量出亲疏。而从这一比对里，掉出了一个震惊：一群会产甲烷的微生物，看上去像细菌，骨子里却既不比细菌更像细菌，也不比我们更像细菌。它们是一整条第三分支的生命。今天我们叫它们「古菌」。
没人相信的那条分支
沃斯在伊利诺伊大学，与同事乔治·福克斯一道，花了数年做着辛苦的实验：把核糖体 RNA 切碎、读出它的片段、为每个生物建一份「目录」。这活儿慢、不光鲜，离当时那些热门问题也很远。
1977 年结果出来时——产甲烷菌是一条独立而古老的谱系——大半个生物学界根本不买账。前辈科学家公开质疑；沃斯因为凭一个分子就重画生命之树，被一些人斥为「怪人」。可他是对的。随着 DNA 测序技术成熟，那第三条分支一次又一次稳稳立住，古菌终成教科书里的事实。
为什么重要
生命的绝大部分是微生物，是看不见的；而绝大多数微生物，从未在实验室里被培养出来——于是数百年间，我们对生命真正的形貌是盲的。沃斯的方法给了我们一双眼睛：读一个普适的分子，你就能把任何生物安放到树上，哪怕你只能在海水或土壤里找到它的一抹 DNA。
这改变了我们能问的问题本身。古菌后来被发现无处不在，也包括你的体内；而它们就紧挨着复杂细胞的起源——也就是我们自己这类细胞从何而来的那个问题。我们今天所用的那张生命地图，正是沃斯与福克斯开始描画的。
像比对一句共享的话
想象每个生物都带着同一段非常古老的话，被抄了又抄，抄了几十亿年。没有哪份抄本是完美的，于是小错误一点点累积——两份抄本差得越多，它们共用同一个抄写员的年代就越久远。把这些话并排读，你就能重建家谱，连你从不知道存在的亲戚也找得回来。
核糖体 RNA 就是那段共享的话。当沃斯把产甲烷菌的抄本与一个细菌的并排比对时，差异之大，竟与细菌和我们之间的差异相当——这告诉他：它们根本不是细菌，而是远得不能再远的表亲。
它的位置
达尔文（1859）给了生命一棵分枝的大树，却没给我们读出最深岔口的办法；后来「基因由 DNA 构成」的发现，以及随之而来的分子生物学，才终于让这些岔口变得可读。沃斯与福克斯提供了那个分子，也提供了那套方法。与本馆「马古利斯」一条并读，画面便合拢了：我们自己的复杂细胞，看来是一个古菌宿主与一个被俘细菌之间的伙伴关系——于是三域之树与「细胞中的细胞」，是同一个起源故事的两半。
A phylogenetic analysis based upon ribosomal RNA sequence characterization reveals that living systems represent one of three aboriginal lines of descent: (i) the eubacteria, comprising all typical bacteria; (ii) the archaebacteria, containing methanogenic bacteria; and (iii) the urkaryotes, now represented in the cytoplasmic component of eukaryotic cells.